Menanggapi era persaingan yang semakin ketat di akhir abad XX dan memasuki era milenium III, dunia bisnis dan organisasi pemerintahan membutuhkan pemimpin dan manajer yang Profesional agar survive dan unggul. Menyadari hal ini, FEB UNSRAT membuka Program Magister Jalur Profesi, yaitu Program Magister Manajemen, Program Magister Ekonomi Pembangunan, dan Program Magister Akuntansi. Pada tahun 2011 Program Magister Ekonomi Pembangunan yang semula merupakan program jalur pendidikan Profesi berdasarkan Surat Keputusan Dirjen DIKTI menjadi Program Magister Ilmu Ekonomi.
Dengan demikian, Program Magister (S2) yang ada di FEB UNSRAT saat ini adalah Program Magister Ilmu Ekonomi, Program Magister Manajemen, dan Program Magister Akuntansi.